/usr/include/sys と、カーネル make 用の /usr/kvm/sys/sys には、基本的に同じ include ファイルが存在するはずです。
（NEWS-OS4 では、/usr/include/sys --> /usr/src/sys/h と、ディレクトリごとシンボリックリンクになっているほどです）
SunOS 4.1.4 で、/usr/include/sys と、/usr/kvm/sys/sys に存在する同名の *.h を比較してみると、fcntl.h だけが違います。 しかし、違うのはコメントで書かれたバージョンの表記のみで、 コメント以外の中身は全く同一です。
GNU fileutils-3.16 の ls の -l --full-time オプションでタイムスタンプの時刻を見ると、/usr/kvm/sys/sys/fcntl.h の方が、約３０分新しくなっているのがわかります。